Todo comenzó cuando accidentalmente se bañaron en un extraño y pegajoso lodo verde. Así comenzaron a crecer, cambiar y, finalmente, mutaron. Las cuatro fueron criadas en las alcantarillas de la ciudad de Nueva York por el gran maestro Splinter, quien las adiestró para convertirlas en Ninjas profesionales, con magistrales habilidades para la lucha y excepcionales virtudes espirituales. Así es que luego de un duro entrenamiento y de comer mucha pizza, se dedicaron a proteger a la humanidad de las fuerzas del mal.

También existen criaturas malvadas como los Ninjas de “El Pie”. Son seres entrenados bajo las órdenes de uno de los hombres más poderosos y malvados del planeta: Oroku Saki, también conocido como Shredder. Su misión es destruir el mundo, y las extraordinarias Tortugas Ninja serán las únicas capaces de detenerlo.